Urodził się w Łomży w roku 1881. Tam też ukończył gimnazjum i w 1900 roku został studentem na Wydziale Nauk Przyrodniczych Uniwersytetu Warszawskiego. Po otrzymaniu dyplomu w 1904 roku rozpoczął prace w charakterze nauczyciela matematyki, biologii i chemii w prywatnej 7-klasowej polskiej Szkole Realnej Żeńskiej St. Podkajowej i H. Rzadkiewiczowej w Sosnowcu. Po ośmiu latach pracy w szkole prywatnej podjął obowiązki kontrolera celnego w Kaliszu, Herbach, Ungenii, Archangielsku i Prochorzewce gubernia kurska. Zmusiła go do tego sytuacja rodzinna. Miał już wówczas na utrzymaniu żonę i dwoje dzieci.
Po powrocie do Polski w styczniu 1919 roku otrzymał nominacje na nauczyciela 8-klasowego Państwowego Gimnazjum im. Tadeusza Kościuszki w Gostyninie. W roku szkolnym 1938/39 pełnił obowiązki dyrektora, a potem do 1939 roku profesora tejże szkoły. Pierwszego września 1939 roku chciał przenieść się do Warszawy, lecz plany pokrzyżowała wojna. Do Warszawy wyjechał, ale dopiero w grudniu. Przez niecałe cztery miesiące na rozkaz landrata gostynińskiego zorganizował grono nauczycielskie niezbędne do prowadzenia nauki. Atmosfera była ciężka. Uwięziono dwóch nauczycieli gimnazjum: Bronisława Wiśniewskiego i Seweryna Stobnickiego. Na liście był także profesor Charłampowicz i Józef Woźniak. Profesor Stefan Charłampowicz zdołał wkrótce wyjechać do Warszawy. W ten sposób uniknął pewnej śmierci.
W Warszawie dostał mianowanie na nauczyciela Szkoły Podstawowej w Raszynie, ale przed objęciem tego stanowiska, w związku z przyjazdem do Warszawy gubernatora Franka, został wraz z innymi mieszkańcami w liczbie 105 osób aresztowany i osadzony na Pawiaku jako zakładnik. Zwolniony, po upływie 10 lat, rozpoczął pracę w Szkole Podstawowej Nr 1 we Włochach. W latach 1943 i 1944, po pracy brał udział jako nauczyciel biologii i chemii w tajnym nauczaniu przy Liceum im. Staszica w Warszawie.
Do Gostynina Profesor wrócił na początku marca 1945 roku wraz z żoną, synową i wnuczką. Córka jego zmarła jeszcze w 1926 roku. Syn został po powstaniu wywieziony do Niemiec i zginął w obozie koncentracyjnym w Sandbostel.
Obowiązki dyrektora przejął w Gostyninie od prof. Marty Kossakowskiej, która zdążyła już zorganizować 4-klasowe gimnazjum. Profesor uruchomił zaś I klasę licealną typu przyrodniczego. Dyrektorem był do 1 września 1949 roku i potem aż do kwietnia 1962 roku uczył chemii. Łącznie w Gostyninie pracował 37 lat. Zmarł w 1970 roku. Ostatnie lata żył samotnie. Jego ostoją była wówczas rodzina Szklaneckich w Gostyninie. W ich prywatnym domku wynajmował pokój. Niemal do ostatnich dni odwiedzali go wychowankowie.
Pisząc o profesorze Stefanie Charłampowiczu nie sposób zapomnieć o jego pracy badawczej. W 1923 roku zorganizował w Gostyninie Oddział Towarzystwa Obrony Przeciwgazowej, jak również Koło Szkolne TOP. Na życzenie wizytatora Ministerstwa Oświaty Wacława Jezierskiego rozpoczął w roku 1928 badania jeziora Kocioł. Właściwie już cztery lata wcześniej zafascynowany urokiem Kotla, jego tajemniczością, kształtem i głębokością prowadził badania na własną rękę przez trzy tygodnie. Na tyle bowiem właściciel jeziora, Higersberger, wypożyczył mu łódź. Swoje spostrzeżenia opracował i wydał w broszurce pt. "Kocioł", odbitej w drukarni Władysława Kożuchowskiego w Gostyninie. Profesor był chemikiem, ale w opracowaniu tym wykazał się dużą wiedzą i zamiłowaniami przyrodniczymi. Swobodnie posługiwał się fachową terminologią polską i łacińską.
Profesor Charłampowicz pozostawił po sobie dobrą pamięć wśród całego ciągu pokoleń uczniowskich. Dał temu szczególny wyraz I Zjazd wychowanków i absolwentów szkoły w 1962 roku, w istocie będący benefisem Profesora. Dla samego Profesora był to wielki dzień, cudowne przeżycie i moralna zaplata za wychowawczy trud całego życia. Sam tak to oceniał.
